Es un Instituto autónomo creado en el seno de la Facultad de Ciencias Jurídicas y Diplomáticas de la Universidad Católica Ntra Sra. De la Asunción, en el año 1985, para posteriormente pasar a depender del Rectorado de dicha Universidad, estableciendo como objetivos para su funcionamiento, la investigación, la formación y capacitación sobre bases interdisciplinarias en las áreas del Derecho Social, la Economía Política, la Sociopolítica, educación, promoción y protección de los Derechos Humanos, en relacionamiento con otras instituciones afines gubernamentales y no gubernamentales, en miras a contribuir al fortalecimiento de la Democracia y el Estado de derecho en el Paraguay.

La misión del CIDSEP/UC es contribuir a la construcción del Estado de Derecho Democrático y a la adecuada inserción del Paraguay en la integración regional y global, trabajando activamente con las instituciones públicas y organizaciones de la sociedad civil; impulsando los procesos de la Reforma del Estado, del fortalecimiento de las instituciones públicas, de la descentralización, y de la lucha contra la pobreza.

A estos efectos, se desarrollan actividades y proyectos para la promoción del acceso a Justicia, fortalecimiento de las Instituciones Democráticas, fomento de una cultura de transparencia y participación ciudadana, desarrollo humano, entre otros.

Entre varios de los trabajos realizados por el CIDSEP, se puede citar que entre los años 1991 y 1992, desarrolló también un Programa de Reforma Constitucional, que culminó en la elaboración de un Proyecto de Reforma Constitucional, un Proyecto de Reglamento Interno para la Convención Nacional Constituyente, que fue aprobado, y un Programa de Asesoramiento a la misma.

A lo largo de dieciocho años, el CIDSEP/UC contó con el patrocinio de la Fundación Konrad Adenauer. 

De 1986 a 1989, en condiciones políticas difíciles, la institución realizó numerosas medidas de capacitación para sindicalistas, campesinos, cooperativas y mujeres.

En una segunda etapa, de 1989 a 1992, prevaleció el trabajo para la nueva Constitución y el Derecho Electoral.

En 1991 también comienza el trabajo sobre la descentralización y el fortalecimiento de los gobiernos subnacionales, que sigue hasta la actualidad, constituyendo uno de los temas principales de la institución.

Otro de los puntos relevantes del trabajo del CIDSEP/UC es el desarrollo de recursos humanos en instituciones públicas. En tal sentido se han desarrollado programas con el Ministerio Público, el Ministerio de Educación y Cultura, la Municipalidad de Asunción, gobernaciones y municipalidades.

Igualmente se desarrollaron programas de fortalecimiento a las organizaciones de la sociedad civil, como la Unión Campesina Nacional (UCN), las Comisiones Vecinales de Asunción y el área metropolitana, el Sindicato de Periodistas del Paraguay (SPP) y la Red de Contralorías Ciudadanas. Las acciones se desarrollaron en todo el país, con un promedio de 80 medidas de capacitación por año, alrededor de cincuenta publicaciones, fruto de investigaciones y seminarios.

En el contexto de las actividades del área Justicia y Derechos Humanos, el CIDSEP viene desarrollando y ejecutando diversos proyectos en contribución a la mejora del acceso a Justicia en el Paraguay.

Gracias al convenio con la COMISION INTERNACIONAL DE JURISTAS DE SUECIA (1987 – 2004),  El CIDSEP se organizó en tres componentes, el consultorio jurídico como servicio de la Universidad Católica a personas y grupos con necesidades legales y de escasos recursos económicos, como cátedra de la carrera de Derecho que contó con una oficina permanente de atención al público en la cual docentes brindaban consulta jurídica gratuita como modalidad de extensión universitaria para los alumnos, hasta 1999, cuando la cátedra pasó a ser formar parte del presupuesto propio de la Facultad de Derecho. A la par, funcionó el Área Mujer para prestar asistencia legal especializada a mujeres en situación de pobreza. El Área de capacitación, investigación y publicaciones se ocupó de la formación en temas de derechos humanos y educación cívica destinado a alumnos de colegios secundarios, docentes, alumnos universitarios y por otro lado a organizaciones comunitarias de barrios de Asunción y el Departamento Central, así también al interior del Penal de Buen Pastor y Tacumbú, destinado a personas privadas de libertad. Para ello equipos de trabajo multidisciplinario formularon diferentes materiales, dípticos y manuales, publicados y distribuidos de manera gratuita. 

Más tarde se desarrollaron los Proyectos “Reforma del Código Penal y Código Procesal Penal” y “Niños, niñas y adolescentes en situación de riesgo y conflicto con la ley”. El primero tuvo por objeto capacitación para operadores del sistema de justicia, Corte Suprema de Justicia, Ministerio Público y Defensoría Pública en el nuevo sistema instaurado a partir de las reformas legales en materia penal y procesal penal que entraron a regir en los años 1997 y 1998, en distintos puntos y circunscripciones de la República, con la participación activa de los más destacados juristas del país.

Juntamente con la Corte Suprema de Justicia, el CIDSEP editó las publicaciones especializadas “Garantías Constitucionales”, “Derechos de la Niñez y la Adolescencia” y “Recurso de Casación”. El Proyecto “Niños, niñas y adolescentes en situación de riesgo y conflicto con la ley” tuvo por objeto la atención legal de niños y niñas inimputables o en situación de abandono, cuyos derechos se hallasen vulnerados, vinculados a un proceso judicial y la asistencia a adolescentes varones y mujeres sujetos a medida socioeducativa de encierro, cuyo enfoque se centró en el análisis de la operatividad de garantías procesales y del funcionamiento del sistema penal juvenil desde la práctica de defensa técnica, con formulación de propuestas de mejoramiento.

La orientación y asistencia legal sin costo a personas y grupos en situación de vulnerabilidad en casos paradigmáticos y casos testigo ha adquirido sostenibilidad, lo que dió principio a la creaciòn del programa "Abogacìa pro bono".